會(huì)聚眾心 | 建立濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法
發(fā)布日期:
2022-09-08

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會(huì)聚眾心 | 建立濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法



導(dǎo)語

近日,來自北京大學(xué)第一醫(yī)院兒科楊艷玲教授、東莞市婦幼保健院產(chǎn)前診斷中心付有晴教授及深圳罕見病代謝組學(xué)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)工程研究中心楊江濤教授等一系列專家采用深圳會(huì)眾生物自主研發(fā)的SMN1檢測(cè)試劑盒,建立了濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法。該成果發(fā)表于罕少疾病雜志,探索發(fā)現(xiàn)濾紙干血斑可用于新生兒SMA篩查,為現(xiàn)有新生兒篩查體系下增加SMA篩查提供了技術(shù)基礎(chǔ)。





★?背景?


脊髓性肌萎縮癥(SMA)是一種常見的由脊髓前角細(xì)胞運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元退化變性所導(dǎo)致的常染色體隱性遺傳性神經(jīng)肌肉疾病。已知95%以上的SMA患者為SMN1外顯子7純合缺失所致。


既往由于缺乏基因修正治療藥物,使得國內(nèi)SMA新生兒篩查落后于發(fā)達(dá)國家,大量的SMA患兒被延誤診斷,未能得到有效治療,導(dǎo)致癱瘓兒童期死亡率高。隨著諾西那生鈉被正式納入醫(yī)保,大力推動(dòng)了我國SMA新生兒篩查的開展。


能否采用濾紙干血斑標(biāo)本進(jìn)行基因組DNA提取并應(yīng)用于SMN1基因檢測(cè),是能否順利開展新生兒SMA基因篩查的必要前提。基于這樣的背景下深圳會(huì)眾生物和多位臨床專家合作開展濾紙干血斑用于新生兒SMA篩查的可行性,以尋求適用于臨床大規(guī)模人群的SMA基因篩查方法。





★?研究?jī)?nèi)容?


該研究采集了來自不同醫(yī)院或研究中心共165例樣本,其中新生兒干血斑標(biāo)本40份,不同保存時(shí)長(zhǎng)的新生兒干血斑103份,新鮮采集的EDTA抗凝血5份,新鮮采集并經(jīng)冷鏈運(yùn)輸48~72h的EDTA抗凝血10份,-80℃超低溫冷凍保存1~2年的EDTA抗凝血7份??鼓獦?biāo)本還需要進(jìn)行干血斑的制備。


使用打孔鉗從干血斑標(biāo)本采樣圈中打取不同面積的血片收集在1.5mL離心管中,采用會(huì)眾生物DNA提取試劑盒進(jìn)行基因組DNA提取,然后采用會(huì)眾生物SMN1檢測(cè)試劑盒,通過多重PCR結(jié)合熒光探針技術(shù),對(duì)SMN1外顯子7拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè)分析。


同時(shí)還進(jìn)行新生兒干血斑標(biāo)本保存穩(wěn)定性測(cè)試,?選取4℃避光保存1個(gè)月、3個(gè)月、6個(gè)月、12個(gè)月和24個(gè)月的新生兒干血斑標(biāo)本各20份,其中保存時(shí)長(zhǎng)為1個(gè)月的組別中增加2份陽性標(biāo)本(SMN1基因外顯子7雜合缺失型),保存時(shí)長(zhǎng)為6個(gè)月的組別中增加1份陽性標(biāo)本(SMN1基因外顯子7雜合缺失型)。每份標(biāo)本分別使用打孔鉗打取最低起始用量的干血斑,提取基因組DNA,檢測(cè)SMN1,評(píng)價(jià)用于SMA基因檢測(cè)時(shí)新生兒干血斑標(biāo)本冷藏保存的穩(wěn)定性。





?研究結(jié)果?★



(1)不同面積干血斑樣本均能檢測(cè)SMN1基因,僅使用1片直徑4mm的干血斑所提取的基因組DNA純度(2.54~5.71ng/μL)即可滿足SMN1檢測(cè)要求(2~180ng/μL),與2片直徑為3 mm的干血斑相比,1片直徑為4 mm的干血斑也可穩(wěn)定檢出SMN1基因型。


會(huì)聚眾心 | 建立濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法
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(2)新生兒干血斑標(biāo)本保存穩(wěn)定性良好,對(duì)不同保存時(shí)長(zhǎng)的新生兒干血斑標(biāo)本打取1片直徑4 mm的干血斑,所提取的基因組DNA濃度與純度均滿足SMN1檢測(cè)要求,均可穩(wěn)定檢出SMA基因型。


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(3)研究還發(fā)現(xiàn)運(yùn)輸保存條件對(duì)檢測(cè)幾乎無影響,新鮮采集并經(jīng)冷鏈運(yùn)輸48~72h的EDTA抗凝血及-80℃超低溫冷凍保存1~2年的EDTA抗凝血所制備的干血斑標(biāo)本,DNA濃度與純度均滿足SMN1檢測(cè)要求,可穩(wěn)定檢出SMA基因型。


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★?結(jié)語?★


本研究建立了一種干血斑基因組DNA自動(dòng)化提取方法,并根據(jù)臨床基因檢測(cè)項(xiàng)目的實(shí)際情況,模擬設(shè)計(jì)了各種檢測(cè)條件,包括干血斑最低起始用量、新生兒干血斑標(biāo)本不同保存時(shí)長(zhǎng)、EDTA抗凝血的不同運(yùn)輸與保存條件等,提取各類干血斑樣本基因組DNA,并驗(yàn)證SMN1檢測(cè)的準(zhǔn)確性與穩(wěn)定性。即1片直徑4mm的干血斑即可滿足SMN1檢測(cè)要求,大大降低了樣本采集、保存和運(yùn)輸?shù)碾y度和復(fù)雜程度,有利于開展大規(guī)模人群篩查,為現(xiàn)有新生兒篩查體系下增加SMA篩查提供了技術(shù)基礎(chǔ)。